Descobri do jeito mais difícil que o TFS na nuvem da Microsoft não possui uma interface para remover os projetos, apesar de ser um serviço totalmente online e com toda a administração feita pelo browser.
Mas então, como fazer?
Simples!
Abra o “VS2012 [x86 | x64] Native Tools Command Prompt” na sua máquina com o Visual Studio 2012 instalado.
OBSERVAÇÃO MUITO IMPORTANTE: O TFS NO VISUAL STUDIO DEVE ESTAR LOGADO COM A MICROSOFT ACCOUNT COM PERMISSÃO DE ADMINISTRADOR PARA O PROJETO!
Pra isso basta digitar “Native Tools Command Prompt” na busca do windows (você escolhe se quer usar o x86 ou x64, tanto faz).
Depois disso digite o seguinte comando:
TFSDELETEPROJECT /collection:<URL_DO_SEU_DASHBOARD> "<Nome do Projeto com Espaços e Caracteres especiais>"
Aqui um exemplo do meu:
TFSDELETEPROJECT /collection:https://cobalto.visualstudio.com/DefaultCollection "Projeto Lixo"
O prompt vai pedir sua confirmação (Y/N) e, caso seu usuário logado no Visual Studio tenha permissão de administrador ao dashboard+projeto informado, ele vai fazer todo o trabalho de limpeza.
Simples e complicado assim.




















